Первые планы для строительства автодороги возникли в 1920-х годах. Немецкая часть будущей автодороги Берлин-Рим должна была соединить Мюнхен с Лейпцигом и Берлином. Это привело к названию трассы и проектной организации MüLeiBerl, которая в 1927 начала разработки. В 1941 году автобан был открыт. До введения новой нумерации автодорог в 1974 году он носил название A3.
Между 1945 и 1966 г. A9 на высоте баварско-тюрингской границе был прерван, так как мост через реку Зале возле Рудольфштайна был разрушен немецкими войсками в конце Второй мировой войны.
Между 1945 и 1966 г. A9 на высоте баварско-тюрингской границе был прерван, так как мост через реку Зале возле Рудольфштайна был разрушен немецкими войсками в конце Второй мировой войны.